合同会社設立のオンライン申請のやり方｜申請用総合ソフトの操作を、申請者情報の登録から送信・電子納付まで順に解説

合同会社設立 オンライン申請のやり方①：申請者情報の登録とソフトのインストール

合同会社設立のオンライン申請は、法務省の「登記・供託オンライン申請システム」のトップページで申請者情報を登録し、申請者IDとパスワードを受け取るところから始まります。利用規約に同意して必要事項を入力すれば登録は完了し、この作業は初回だけで済みます。次に、同じサイトの「申請用総合ソフトダウンロード・手引書」から申請用総合ソフトを入れます。2026年10月17日時点の最新版はバージョン9.4A（令和8年10月3日更新）で、動かすには.NET Framework 4.8.1が必要と案内されています。

インストールのときは、ダウンロード元が「t-k-download.moj.go.jp」であることを確かめるよう注意書きがあります。起動後は、登録した申請者IDとパスワードでログインします。ログイン画面で「キャンセル」を押すとオフラインでも起動でき、送信や処理状況の更新のような通信を伴う操作以外は、オフラインのまま進められると法務局は説明しています。申請書を少しずつ作り込みたい人には、この仕組みが助けになります。

カードを読み取る機器も、この段階でそろえます。法務局の合同会社向けページには、代表社員本人がマイナンバーカードでオンライン申請できること、ICカードリーダライタが必要であることが書かれています。ソフトと機器の準備が終わっていないと、後の電子署名の段階で必ず止まるので、書類づくりより先に片付けておくのが安全です。

操作の手引きは、同じダウンロードページに用意されています。合同会社の設立で読むのは、ソフト全体の使い方を説明した「商業・法人登記申請【共通編】」と、合同会社設立登記の入力例を示した「申請情報作成例④【合同会社設立登記編】（現物出資なし）」の2冊です。株式会社向けの作成例も並んでいるので、取り違えないよう表題を確かめてから開いてください。このあとの手順も、この2冊の画面の流れに沿って説明します。

1. 登記・供託オンライン申請システムで申請者情報を登録（初回のみ）
2. 申請用総合ソフトをダウンロード（.NET Framework 4.8.1が必要）
3. 申請者IDとパスワードでログイン（オフライン起動も可）
4. マイナンバーカードとICカードリーダライタを用意

出典：法務局：合同会社の設立の登記をしたい方（オンライン申請）

やり方②：申請様式を選び、商号から登記すべき事項の別紙まで入力する

申請書情報は、「処理状況表示」画面の「申請書作成」から作ります。合同会社設立登記編の作成例では、様式一覧のツリーを「商業登記申請書」、「設立登記申請書＜登記すべき事項作成支援・添付ファイルチェック機能付き＞【署名要】」、「登記申請書（会社用）：合同会社の設立（代表社員が法人でない場合、現物出資なし）【署名要】」の順にたどります。代表社員が個人で、金銭出資だけの合同会社なら、この様式が基本になります。

最初の画面では、件名（自分で分かる名前でよい）、納付情報欄の氏名（カタカナ）、商号のフリガナ、商号、本店、登記の事由を入れます。フリガナは「合同会社」の部分を除いて全角カタカナで左詰めにします。作成例は、全角ハイフンを長音と打つ、大文字のアイをローマ数字の1と打つ、カタカナの「ヘ」をひらがなで打つ、といった商号の入力誤りに注意を促しています。

登記すべき事項は「別紙表示」を押して入力します。公告をする方法、目的、資本金の額を定款どおりに入れ、社員に関する事項では業務執行社員と代表社員の氏名、代表社員の住所を入れます。初期画面は業務執行社員と代表社員が1人ずつの形なので、社員1名の合同会社ならそのまま埋めればよく、氏名と住所の間に空白を入れないことが注意点です。

別紙の内容は、添付する定款と一字一句そろっている必要があります。合同会社の目的を定款で5項目にしたのに別紙では4項目しか入れていない、資本金の額の表記が定款と違う、といったずれは、形式チェックでは見つからず、登記所の審査で初めて指摘されます。合同会社の定款を先に確定させ、そこから写す順番を守ると、この種の手戻りを減らせます。

出典：法務省民事局：申請用総合ソフト利用ガイド 申請情報作成例④【合同会社設立登記編】（現物出資なし）

やり方③：登録免許税・添付書類・印鑑届出の欄を埋めて、形式チェックをかける

次の画面は、課税標準金額と登録免許税額を半角数字で入れる欄から始まります。作成例の注記どおり、登録免許税は資本金の額の1000分の7で、その額が6万円に満たないときは6万円です。納付方法は、インターネットバンキングなどで払うなら「電子納付」を選びます。収入印紙で払う選択肢もありますが、その場合は窓口か郵送で納付用紙を出すことになり、完全オンラインにはなりません。

添付書類の欄には書類の名称と通数を入れます。ここで迷いやすいのが「別送の有無」と「印鑑届出の有無」です。添付書類をすべてオンラインで送るなら、別送の有無は必ず「無」にします。印鑑届出の有無は、会社の印鑑を出すなら「有」、出さないなら「無」です。オンラインで登記を申請する場合、会社の印鑑の提出は任意とされています。

最後に申請年月日、申請人（本店、商号、代表者の住所と氏名）を入れ、「申請先登記所選択」から本店所在地を管轄する登記所を選びます。入力が終わったら画面上部の「チェック」を押します。必須項目の漏れや全角・半角、日付の誤りといった形式面が確かめられ、エラーはオレンジ色で示されます。直してから「完了」で保存すれば、申請書情報の作成は終わりです。

出典：国税庁 No.7191 登録免許税の税額表

4 やり方④：添付PDFに署名し、申請書に署名して送信、登録免許税を電子納付する

添付書面は、まずPDFにしてから署名します。法務省の手順書では、「処理状況表示」画面の「ツール」メニューから「PDFファイルの署名」を開き、署名するPDFと出力先のフォルダを選んで「ICカードで署名」を押します。カードを差し込み、パスワードを入れて「署名付与完了」と出れば成功です。出力先には、元のPDFと同じ名前のフォルダができ、PDFと署名ファイル（XML形式）が入ります。複数のPDFはまとめて署名できます。

代表社員1名・金銭出資だけの合同会社で、定款に代表社員、本店の所在場所、資本金の額まで書いておけば、添付書面の中心は定款と払込みがあったことを証する書面の2つになります。法務局の一覧では、決定書は定款で決めていない事項がある場合、就任承諾書は業務執行社員の互選で代表社員を決めた場合に必要とされています。私の場合も代表社員を定款で定めたので、就任承諾書は付けていません。添付するPDFが少ないほど、署名の手間も、合同会社設立のオンライン申請でつまずく箇所も減ります。

署名したPDFは、該当する申請書情報を選んで「ファイル添付」を押し、添付書類ごとに「署名付きPDFフォルダ追加」で先ほどのフォルダを指定して付けます。必須の書類にはすべて添付するか「書面提出」にチェックが必要です。そのうえで申請書情報そのものにも電子署名をし、「送信」を押します。

送信後は「処理状況表示」画面で「更新」を押すと、到達、受付確認、補正、お知らせ、納付の各ボタンが順に現れます。「納付」から電子納付の画面へ進み、e-Govの画面の案内に従って登録免許税を払います。電子納付の期限は、申請書情報がシステムに到達した日の翌日から起算して3日間（行政機関の休日を除く）です。金曜日の業務終了後に到達した申請なら、水曜日が期限になると法務省は例示しています。

1. ツール →「PDFファイルの署名」で添付PDFに署名
2. 「ファイル添付」→「署名付きPDFフォルダ追加」で添付
3. 申請書情報に電子署名 →「送信」
4. 「更新」で到達・受付確認を確かめる
5. 「納付」から電子納付（到達の翌日から3日間）

出典：法務省：商業・法人登記のオンライン申請について

つまずきやすい所①：電子証明書の有効期限とパスワードで、署名の段階が止まる

合同会社設立のオンライン申請を自分で進める人が止まりやすいのは、入力そのものより電子署名です。法務省は、申請書情報に付けた電子証明書は送信した後に有効性を確かめるため、送信ボタンを押す時点で証明書が有効でなければエラーになり申請できないと説明しています。一方、添付書面情報（委任状を除く）の電子証明書は、署名した時点で有効であればよいとされています。

マイナンバーカードの場合、署名に使うのは「署名用電子証明書」で、公的個人認証サービスの案内では有効期限が5年、パスワードは6〜16桁の英数字で、5回間違えるとロックされます。普段コンビニ交付などで使う4桁の暗証番号（利用者証明用）とは別物なので、取り違えたまま何度も入力してロックさせてしまう、という止まり方が起こり得ます。ロックの解除は市区町村の窓口などで行うことになるため、設立の予定日が迫っている時期ほど影響が大きくなります。

対策は単純で、申請書を作り始める前に、公的個人認証サービスのソフトなどで証明書の有効期限とパスワードを確かめておくことです。有効期限の3か月前から更新ができるので、期限が近い人は先に更新を済ませてください。

出典：公的個人認証サービス ポータルサイト（地方公共団体情報システム機構）

つまずきやすい所②：送信した時刻で設立日が変わり、補正もソフトで返す

オンライン申請のやり方で見落とされやすいのが時刻です。法務省の一人会社向けの案内によると、システム自体は平日8時30分から23時まで、休日は8時30分から18時まで使えますが（年末年始を除く）、登記所の受付は平日8時30分から17時15分までです。平日17時15分以降や休日に送信した申請は、翌業務日の受付になります。合同会社が成立する日、つまり設立日は登記所で受け付けられた日なので、たとえば4月1日（木）の17時15分以降に送ると、設立日は4月2日（金）になると例示されています。

設立日を特定の日にしたい人は、送信を受付時間内に終えることが前提です。夜にまとめて作業し、そのまま送信ボタンを押すと、意図した日付からずれることがあります。

もう一つは補正です。登記所から補正のお知らせが届くと「処理状況表示」画面に「補正」ボタンが現れ、内容を確認したうえで、ソフト上で補正情報を作って送信します。窓口なら書類を持って行けば済む修正も、オンラインでは電子署名からやり直す場面が出てきます。私の場合は窓口申請で、補正の連絡はなく申請から約1週間で登記が完了しましたが、これは紙の申請での結果で、オンラインの処理日数の目安にはなりません。

出典：法務省：一人会社の設立登記申請は完全オンライン申請がおすすめです！

判断が必要な所：どこまでオンラインにするか（別送・印鑑・24時間以内処理）

申請用総合ソフトのやり方を覚えたあとに残るのは、どこまでをオンラインにするかという判断です。作成例は、電子データで作っていない添付書面を管轄の登記所へ持参または送付する方法も認めています（その場合は「別送の有無」を「有」にし、内訳表を印刷して一緒に出す）。紙の書類が混ざるとオンラインで送る意味が薄れるように見えますが、手元にPDFへ署名できない書類がある場合の逃げ道にはなります。

会社の印鑑も判断が分かれる所です。令和3年2月15日から、オンラインで登記を申請する場合の印鑑の提出は任意になりました。ただし、会社の印鑑証明書が必要になる場面があるなら提出することになり、オンラインで出せるのは登記の申請と同時に行う場合に限られます。印鑑届書は専用の様式を原寸で印刷し、実物の印章で押印したうえで、原寸・600dpi程度の解像度でスキャンしてPDFにするよう法務省は案内しています。銀行口座の開設などで会社の印鑑証明書を求められる可能性を考えると、提出しないという選択は慎重に考えたほうがよいでしょう。

早さを重視するなら、業務執行社員が5人以内、添付書面がすべてPDFで申請書と一緒に送信、登録免許税を電子納付、補正なし、という条件を満たすと「24時間以内処理」の対象になります。合同会社でも株式会社でも、一部を紙で別送した時点で対象から外れるので、早さを取るか、手堅さを取るかは、自分の慣れと日程で決めてください。

出典：法務省：オンラインによる印鑑の提出又は廃止の届出について（商業・法人登記）

まとめ：合同会社設立のオンライン申請を自分でやる場合と、窓口・専門家に頼む場合

合同会社設立のオンライン申請のやり方は、申請者情報の登録とソフトのインストール、申請様式の選択と別紙の入力、課税標準額・添付書類・印鑑届出の欄の入力と形式チェック、添付PDFと申請書への電子署名、送信、処理状況の確認と電子納付、という順番です。手順そのものは法務省の利用ガイドに画面つきで書かれており、代表社員1名で金銭出資だけの合同会社なら、作成例をほぼそのまま自分の会社に置き換えられます。

自分でオンライン申請する場合は、法務局へ行く時間と、代表社員個人の印鑑証明書などを省ける可能性がある代わりに、機器とソフトの準備、電子証明書の管理、送信時刻と納付期限の管理、補正への対応をすべて自分で引き受けます。窓口で申請する場合は、平日に足を運ぶ必要がある代わりに、紙の書類で進められます。私の場合は窓口を選び、実費は登録免許税6万円に印鑑・証明書などを加えて約6万3千円でした。専門家に頼む場合は報酬がかかる代わりに、作成と申請を任せられます。どれが合うかは、手元の機器、平日に動ける時間、書類への慣れによって変わるので、一概には言えません。

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出典：法務省民事局：申請用総合ソフト利用ガイド 商業・法人登記申請【共通編】

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