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合同会社設立 オンライン申請 2025年4月に自分で設立した記録

商業登記電子証明書とマイナンバーカード、オンライン申請の電子署名方法を比較した記録

公開日:2026-08-22 更新日:2026-09-28 読了目安:10分 本文:4,987字 執筆:合同会社commit 編集部
この記事は、合同会社の設立をオンライン申請する際、電子署名の方法として何を使えばいいのか、具体的な選択肢を知りたい人に向けて書いています。前回の記事では窓口申請とオンライン申請の仕組みを紹介したので、この記事では、電子署名の方法として案内されている商業登記電子証明書とマイナンバーカードの違いを、私が自分で調べた内容としてまとめています。私は窓口申請を選んだため、この記事は一次情報にもとづく解説として書いています。

商業登記電子証明書とは何か

商業登記電子証明書は、法務局が発行する法人・代表者用の電子証明書です。設立登記そのものにこの証明書を使うことはできませんが、登記完了後、会社としてオンラインで各種手続きを行う際に利用できるとされています。取得には法務局への申請と手数料が必要です。

設立登記の申請時点ではまだ会社が存在しないため、この証明書は設立登記そのものの電子署名には使えず、主に登記完了後の手続きで使われる証明書だという位置づけを確認しました。

取得を検討する際は、有効期間や手数料が発行期間によって段階的に設定されている点も確認が必要です。私は設立時点ではこの証明書を必要としていなかったため、取得の判断は見送りましたが、将来的にオンラインでの手続きが増えれば検討する可能性があると考えています。

商業登記電子証明書は登記完了後に使う証明書
設立登記そのものの電子署名には使えません。
手数料は発行期間によって段階的に設定
設立時点で必要かどうかは、利用予定のサービス次第です。

2マイナンバーカードの電子証明書とは何か

設立登記の申請そのものに使われる電子署名は、代表社員個人のマイナンバーカードに搭載された署名用電子証明書です。私が電子定款を作成した際に使ったのも、このマイナンバーカードの電子証明書でした。会社がまだ存在しない設立段階では、個人の証明書を使うという整理になっています。

マイナンバーカードは交付手数料が原則無料である一方、ICカードリーダーなどの周辺機器は別途用意する必要があります。取得のハードルという意味では、商業登記電子証明書よりも身近な選択肢だと感じました。

私は、電子定款の作成時にすでにこの環境を整えていたため、設立登記のオンライン申請を選んでいた場合も、追加の準備なしにそのまま利用できたはずです。電子定款とオンライン申請の電子署名は、同じマイナンバーカードの証明書を使う点で共通しています。

設立登記にはマイナンバーカードの証明書を使う
会社がまだ存在しない段階では個人の証明書を使います。
電子定款と同じ証明書を共用できる
追加の準備なしにオンライン申請にも利用できます。

2つの証明書の使い分け(設立前後で変わる)

私が整理した理解では、設立登記の申請段階ではマイナンバーカードの電子証明書を使い、登記完了後に会社として何らかのオンライン手続きを行う際には、必要に応じて商業登記電子証明書を取得して使う、という使い分けになります。

すべての会社が商業登記電子証明書を必要とするわけではなく、利用するオンラインサービスの要件によって必要性が変わるという情報も確認しました。自分は、設立時点ではマイナンバーカードの証明書のみで手続きを進めています。

銀行の一部のオンラインサービスや、行政のオンライン手続きの中には、法人の実在性を確認する目的で商業登記電子証明書を求める場面があるという情報も見かけました。将来的にそうしたサービスを利用する予定がある場合は、取得を検討しておくとよいかもしれません。

2つの電子証明書の使い分け
必要性はサービスの要件によって変わる
すべての会社が商業登記電子証明書を必要とするわけではありません。

対応OS・ソフトウェアの確認方法

どちらの電子証明書を使う場合も、パソコンのOSやブラウザ、専用ソフトの対応状況を確認する必要があります。私は、法務省の登記・供託オンライン申請システムのサイトにある動作環境の一覧を確認し、自分のパソコン環境が対応しているかを事前にチェックしました。

対応環境は時期によって更新されるため、実際に手続きする直前に、その時点の最新情報を確認することをおすすめします。私が確認した際も、案内ページの更新日を必ず見るようにしていました。

対応環境の確認で見た項目

つまずき:どちらを取得すべきか、情報が整理されずに混在していた

オンライン申請に関する解説記事を検索すると、商業登記電子証明書とマイナンバーカードの電子証明書が明確に区別されずに、まとめて「電子証明書」として説明されていることがありました。設立段階でどちらが必要なのかを正確に理解するまでに、複数の一次情報を読み比べる必要がありました。

私は最終的に、法務省・法務局が公開している案内ページを基準にして、この2つの証明書の違いを整理しました。制度の名称が似ているものは、特に一次情報で確認することの重要性を実感した部分です。合同会社の情報は株式会社に比べて解説記事の数自体が少なく、この分野の情報格差はより顕著だと感じました。

似た名称の証明書は一次情報で区別する
解説記事によっては明確に区別されていないことがありました。

限界:実際の取得・利用手順は体験の範囲外

自分は窓口申請を選んだため、商業登記電子証明書を実際に取得した経験はありません。この記事で紹介した内容は、法務局の一次情報にもとづく制度の整理であり、実際の取得手順や利用時の細かい操作については、実際にオンライン申請を行った方の体験談も参考にすることをおすすめします。

実際の取得・利用手順は体験の範囲外
自分は窓口申請を選んだため、制度の整理にとどめています。

7まとめ:設立段階ではマイナンバーカードの証明書で足りる

合同会社の設立登記をオンライン申請する場合、電子署名にはマイナンバーカードの署名用電子証明書を使い、商業登記電子証明書は登記完了後に必要に応じて取得するという整理になります。この2つを混同せず、まず設立段階で必要なものを正確に理解することが重要です。

前回の記事で紹介したオンライン申請の仕組み全体と、この記事で紹介した電子証明書の使い分けをあわせて確認することで、合同会社のオンライン申請をより具体的に理解できるはずです。

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この記事が、合同会社の設立をオンライン申請しようとしているあなたの参考になれば幸いです。

電子署名方法のポイント
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