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会社員 合同会社設立 2025年4月に自分で設立した記録

会社員を続けながら合同会社を設立する場合の確定申告を調べた記録

公開日:2026-08-22 更新日:2026-09-28 読了目安:9分 本文:4,048字 執筆:合同会社commit 編集部
この記事は、会社員を続けながら合同会社の代表社員になった場合、確定申告がどうなるのか知りたい人に向けて書いています。前回・前々回の記事では会社員のまま設立できる制度と、私が退職して専業になった実際の流れを紹介したので、この記事では、会社員を続ける場合の確定申告について調べた内容をまとめています。私は退職して設立したため、この記事は一次情報にもとづく解説として書いています。

給与所得(会社員分)と役員報酬(合同会社分)は別々に発生する

会社員として勤務先から受け取る給与と、合同会社の代表社員として自社から受け取る役員報酬は、それぞれ別の法人からの「給与所得」として扱われるという情報を確認しました。2か所以上から給与を受け取っている状態になるため、確定申告が必要になるケースに該当するという理解です。

会社員の給与と役員報酬は別々の給与所得
2か所以上から給与を受け取る状態になります。
2か所以上の給与は確定申告の対象になり得る
会社員だけの場合とは扱いが変わります。

2年末調整だけでは完結せず確定申告が必要になる

会社員1か所だけの給与であれば年末調整で完結しますが、2か所以上から給与を受け取っている場合は、年末調整だけでは所得税の精算が完結せず、自分で確定申告を行う必要があるという情報を確認しました。勤務先の年末調整はそのまま受けつつ、合同会社からの役員報酬とあわせて確定申告するという流れになると考えられます。

2か所給与は年末調整だけで完結しない
自分で確定申告を行う必要があります。
勤務先の年末調整と別に自分で申告する
両方の手続きを漏れなく行う必要があります。

合同会社側の法人税申告も別途必要

代表社員個人の確定申告とは別に、合同会社自体の法人税申告(決算)も必要になるという情報も確認しました。個人の確定申告と法人の決算申告は別の手続きであり、両方をそれぞれの期限までに行う必要があるという理解です。

個人の確定申告と法人の決算申告は別の手続き
それぞれの期限までに両方対応する必要があります。
個人・法人それぞれの期限を管理する
2つの申告を同時に見落とさないよう注意します。

住民税の徴収方法にも注意が必要

会社員としての給与にかかる住民税は、通常勤務先が特別徴収(給与天引き)しますが、合同会社からの役員報酬分の住民税をどう扱うかによって、勤務先に副業(役員就任)が伝わる可能性があるという情報も確認しました。以前の記事で紹介した兼業規定とあわせて、この点も事前に確認しておく必要があると考えられます。

住民税の徴収方法によっては勤務先に伝わる可能性
兼業規定とあわせて事前確認が必要です。

つまずき:確定申告が不要だと誤解していた

私は以前の記事を書いた際、会社員のまま合同会社を設立する場合の確定申告について詳しく調べておらず、漠然と年末調整だけで済むのではないかと考えていました。この記事を書くために調べ直し、2か所給与になると確定申告が必要になるという点をあらためて確認しました。

確定申告が不要だと漠然と考えていた
調べ直して2か所給与の申告義務を確認しました。

限界:私には会社員を続けながらの実体験がない

この記事は、私が退職して専業として合同会社を設立した実体験にもとづくものではなく、一次情報をもとに整理した解説です。実際に会社員を続けながら合同会社を設立する場合は、この記事を出発点としつつ、必ず税理士に個別のケースとして確認することをおすすめします。

私には会社員を続けながらの実体験がない
税理士への個別確認をおすすめします。

7まとめ:2か所給与という前提で確定申告を理解する

会社員を続けながら合同会社の代表社員になる場合、給与所得(会社員分)と役員報酬(合同会社分)の両方を合算した確定申告が必要になり、合同会社自体の決算申告も別途必要です。住民税の徴収方法にも注意しながら、税理士に相談して進めることをおすすめします。

前回・前々回の記事で紹介した会社員のまま設立できる制度と自分が退職した実際の流れ、この記事で紹介した確定申告の考え方をあわせて確認することで、会社員を続けながらの設立をより具体的に検討できるはずです。

当サイトでは、こうした申告に不安がある人向けに、会計事務所SoVaの「士業伴走プラン」も紹介しています。設立サポート手数料は0円ですが、設立後の顧問契約(月1.5万円〜)が前提になっており、遷移先のページでは「自分でやるより最大14.5万円もお得」という比較も示されています。この数字の出典は遷移先のサービスページであり、条件とあわせて公式ページで必ずご確認ください。

この記事が、会社員を続けながらの確定申告を調べているあなたの参考になれば幸いです。

会社員を続ける場合の確定申告ポイント
会社員を続けながら合同会社の代表社員になる場合、給与所得と役員報酬の両方を申告する必要があるという理解に至りました。この記事が、会社員を続けながらの確定申告を調べているあなたの参考になれば幸いです。

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